与此同时，仁西又重修药师寺，建12坊(僧侣歇宿之所)。据说这是源赖朝开镰仓幕府的前一年、即建久2(1191)年的事情。负责管理12坊的，是仁西自吉野带来的川上、余田等平家一干余党等。
至今在有马「坊」字多指宿舍旅馆等，不知是源自那时的习俗，还是沿袭其传统而起之名。
再建有马的秀吉
这之后，有马经历了数百年的平和岁月。即在由室町到战国的混乱时期，来温泉的人也络绎不绝。可以说世上的战乱并未给有马的繁荣带来不良影响。这之后，有马经历了数百年的平和岁月。即在由室町到战国的混乱时期，来温泉的人也络绎不绝。可以说世上的战乱并未给有马的繁荣带来不良影响。
与此同时，秀吉在一步步打败明智光秀、柴田胜家、织田信孝，即将实现天下统一时，于天正11(1583)年造访有马。也许英雄在经历了长年征战，身心疲惫之后，需在有名的有马温泉洗涤风尘、犒慰劳顿，这是有史可查的秀吉的第一次入浴。这之后秀吉又多次造访有马，给有马以诸多援助。
秀吉对有马的诸多贡献中特直一提的是庆长2(1597)年对有马的大规模整修。整修直接原因是前一年降临近畿一带的庆长伏地地震。此震造成房屋大片损毁，更严重的问题是震后温泉水温急剧上升，成了热汤。深知温泉疗效的重要性的秀吉英机立断，决定立即着手对有马温泉进行修整。
自秀吉修整工程以来350年间，有马町(有马町系明治29年由原汤山町改称有马町)再未对泉眼进行过任何整修，秀吉当时的英明决断给后来有马的繁荣带来了多大的好处，由此可见一斑。可是，秀吉原定于工程完工的庆长3年5月入浴，但因暴风雨而中止，其后不久秀吉就病倒，并于同年8月18日与世长辞。就这样，秀吉终于未能享受自己整修的成果。
经历江户时代
之后便进入江户时代。这时的有马进一步繁荣，有马也成了江户幕府的直辖领。但是当时与现在各旅馆里均设有内汤不同，只在城内设一大汤池，浴客入浴时均来此大汤池。另温泉的喷出量也不是很多。虽经秀吉入浴、整修泉眼等而温泉知名度大增，但据对当时入浴情况考证发现，跟现在的繁荣状况还是有很大不同的。
据说那时的大汤池只是一栋建筑，其内南北约七间、东西约三间大房；浴槽南北2丈余、东西1丈余大小，中间用木板隔成一边丈余的正方形。南边叫「一汤」、北边则叫「二汤」，水深均为三尺七、八寸。
仁西开创的12坊经秀吉改造后增为20坊。此20坊是纯粹作为旅舍使用的，一汤配10坊、二汤配
10坊，各坊设汤女2名。其后随着浴客的增加，便在坊下增设了称作「小宿」的宿舍，进一步充实完善了住宿设施。
上图照片摘自幕汤「摄津名所荒增巡览记」。
后来到了江户时代后期，一般百姓也渐有了参拜神社、洗温泉的习俗。而引导百姓出行的助手却是路标。有马温泉至今仍留有不少这样的路标，走在有马街上不时会见到。
